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自律令制事实上崩溃以来，令制国在日本历史上长期担任的角色，更多是纯粹的地域划分。由于律令制的中央政府不再存在，令制国区划也就此“冻结”，千年都未有大的变动。

但是，随着大政奉还及“王政复古大号令”的发布，天皇重新掌握权力，明治政府也开始进行“复古”。令制国作为天皇掌权时代的行政区划遗留，自然也成为了其中的一环。

1869 年 1 月 19 日，作为对戊辰战争中反对新政府的奥羽越列藩同盟的处分之一，明治政府对陆奥、出羽两国进行了分割。其中，陆奥国分割为磐城、岩代、陆前、陆中、陆奥五国，而出羽国分割为羽前、羽后二国。

其中，磐城、岩代对应今福岛县，陆前、陆中、陆奥、羽前、羽后则分别对应今宫城、岩手、青森、山形、秋田县，但在具体边界上又有所不同。

需要注意的是，理论上，分割前后的两个“陆奥国”读音并不相同。为区分分割前后的“陆奥国”，分割前的本来读作「むつ/ Mutsu」，而政府把分割后的读作「りくおう / Rikuō」。不过，这一“正确读音”没有被广泛采用，前者的读法依旧比较常见。

同年 9 月 20 日，随着箱馆战争结束，明治政府又在虾夷地设立了北海道，包括渡岛、后志、胆振、日高、石狩、天盐、北见、十胜、钏路、根室、千岛十一国，“五畿七道”也变为“五畿八道”。

其中，除千岛国外的十国都在北海道本岛上，于是在明治时代，北海道岛也被称作“十州岛”。

我们知道，明治初期依然保留了地方各藩，令制国并没有实际行政意义。

那么，为何还要折腾一通令制国呢？

首先，陆奥和出羽确实太大了。两国加起来相当于今天的整个东北地方，和其他地区的令制国大小不成正比，就算作为地理概念也难以使用。同时，待开发的北海道也需要新的地名。

其次更多的是象征意义。新政府提倡“复古”，那么重提令制国无疑象征了新政权的合法性，对旧势力也能起到威慑作用。而在北海道，为了对抗不断向南扩张的沙俄，设置令制国也象征了日本对此地的统治。

1871 年，明治政府推行废藩置县，县成为日本主要的一级行政区划。尽管没有法律废止，但令制国的使用很快被府县制取代。在琉球处分以及南桦太划归内地时，也未曾进行新的令制国划分，遑论外地。

不过今天，令制国作为地理与文化概念依旧为人熟知。例如，重复的车站前会加上国名区分，铁路线也常冠以国名；作为爱称或别称，国名也常常被使用。

另外，在区划上，历次大合并中，也有许多新成立的自治体（市町村）使用国名命名。尽管如此，以国名命名的自治体泛滥，就又是另一个值得一谈的问题了。